Nghiên cứu nhân chuyển pha của quá trình ngưng tụ sợi Amyloid – beta bằng phương pháp mô phỏng
Article Sidebar
Main Article Content
Nghiên cứu nhân chuyển pha của quá trình ngưng tụ sợi Amyloid – beta bằng phương pháp mô phỏng
Tóm tắt
Trong bài báo này, chúng tôi sử dụng mô hình điểm mạng kết hợp với lý thuyết mô phỏng Monte Carlo và ngôn ngữ lập trình Fortran đã mô phỏng và nghiên cứu nhân chuyển pha của quá trình ngưng tụ sợi amyloid beta. Dựa vào các kết quả tính toán, chúng tôi đã mô phỏng được đường đặc trưng chữ S của quá trình ngưng tụ sợi protein. Đồng thời, chúng tôi phân tích được cơ chế của sự hình thành nhân chuyển pha, được diễn ra ngay trong pha trễ để tạo ra các oligomer sợi có kích thước đủ lớn và bền nhiệt - đóng vai trò như “mầm” để các mononer khác đến bám vào tạo thành sợi amyloid beta.
Article Details
Chuyên mục
Khoa học Tự nhiên & Công nghệ
Tác phẩm này được cấp phép theo Giấy phép quốc tế Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDeri Phái sinh 4.0 .
Tài liệu tham khảo
- Chiti, F. & Dobson, C.M. (2006). Protein misfolding, functional amyloid, and human disease. Annual Review of Biochemistry , 75, pp.333–366.
- Co, N.T. (2022). Study of factors governing mechanism of protein aggregation by using computer simulation . Doctoral thesis. Warsaw: Institute of Physics, Polish Academy of Sciences.
- Co, N.T. & Li, M.S. (2012). New method for determining size of critical nucleus of fibril formation of polypeptide chains. The Journal of Chemical Physics , 137(9), p.095101.
- Lesné, S., Koh, M.T., Kotilinek, L., Kayed, R., Glabe, C.G., Yang, A., Gallagher, M. & Ashe, K.H. (2006). A specific amyloid-β protein assembly in the brain impairs memory. Nature , 440(7082), pp.352–357.
- Li, M.S., Klimov, D.K., Straub, J.E. & Thirumalai, D. (2008). Probing the mechanisms of fibril formation using lattice models. The Journal of Chemical Physics , 129(17), p.175101.
- Li, M.S., Co, N.T., Reddy, G., Hu, C.K., Straub, J.E. & Thirumalai, D. (2010). Factors Governing Fibrillogenesis of Polypeptide Chains Revealed by Lattice Models. Physical Review Letters , 105(21), p.218101.
- Michaels TCT, Qian D, Šarić A, Vendruscolo M, Linse S, Knowles TPJ. (2023). Amyloid formation as a protein phase transition. Nature Reviews Physics , 5, pp.379–397.
- Mukherjee, S., Poudyal, M., Dave, K., Kadu, P. & Maji, S.K. (2024). Protein misfolding and amyloid nucleation through liquid–liquid phase separation. Chemical Society Reviews.
- Straub, J.E. & Thirumalai, D., (2010). Principles governing oligomer formation in amyloidogenic peptides. Current Opinion in Structural Biology , 20(2), pp.187–194.
- Walsh, D.M., Klyubin, I., Fadeeva, J.V., Cullen, W.K., Anwyl, R., Wolfe, M.S., Rowan, M.J. & Selkoe, D.J. (2002). Naturally secreted oligomers of amyloid β protein potently inhibit hippocampal longterm potentiation in vivo. Nature , 416(6880), pp.535–539.